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【實驗技術(shù)】一文了解分子生物學(xué)經(jīng)典實驗 western blot

瀏覽:2946 發(fā)表時間:2015-02-26

一、基本原理

Western Blot 即蛋白免疫印跡,是等量上樣的蛋白樣品通過電泳按分子量分離蛋白質(zhì)、再轉(zhuǎn)移到合適的膜上,然后通過特異性抗體對膜上的目的蛋白或特定位點修飾進(jìn)行結(jié)合和識別,經(jīng)過抗體偶聯(lián)的顯色或顯影系統(tǒng)獲得條帶結(jié)果,通過分析條帶位置和深度來分析目的蛋白或特定位點修飾的水平。

二、步驟

(一)由蛋白樣品制備;制膠、上樣、電泳;轉(zhuǎn)膜;封閉、抗體孵育;曝光五個步驟組成,其簡要流程如下:

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詳細(xì)實驗步驟:

1.蛋白樣品制備

1.1蛋白樣品制備選擇合適的裂解液

根據(jù)蛋白性質(zhì)不同,選擇裂解液也不同,常用產(chǎn)品名稱:①RIPA裂解液②NP-40裂解液③SDS裂解液

區(qū)別:   

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 1.2蛋白濃度測定(BCA法)

①配制蛋白標(biāo)準(zhǔn)品

取0.8mL蛋白標(biāo)準(zhǔn)配制液加入到一管(20mgBSA)蛋白標(biāo)準(zhǔn)管中,充分溶解后,配置成25 mg/mL的蛋白標(biāo)準(zhǔn)溶液。配制成的蛋白標(biāo)準(zhǔn)溶液可-20℃長期保存。

取適量25 mg/mL蛋白標(biāo)準(zhǔn)溶液,用PBS或去離子水稀釋至終濃度為0.5 mg/mL的蛋白標(biāo)準(zhǔn)工作液。   

②繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線(酶標(biāo)儀法)

將標(biāo)準(zhǔn)品按0、1、2、4、8、12、16、20μL加入到96孔板中,加稀釋液補(bǔ)足到20μL 。加適當(dāng)體積樣品到96孔板孔中,如果樣本不足20μL,需加稀釋液補(bǔ)足到20μL。注意記錄樣品體積。

③配制BCA顯色液

根據(jù)樣品數(shù)量, 配制BCA 工作液,按50體積 BCA 試劑 A 加入1體積 BCA 試劑 B (50:1)配置適量 BCA 工作液,充分混勻。BCA 工作液室溫24h內(nèi)穩(wěn)定。每個待測樣品需200 μL,建議按需配制,避免浪費。

④酶標(biāo)儀檢測

向標(biāo)準(zhǔn)曲線樣品孔及待測樣品孔中每孔加入BCA顯色液200 μL,37℃放置20-30min。用酶標(biāo)儀測定A562或540-595nm之間的其他波長吸光度。根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線和使用的樣品體積計算出樣品的蛋白濃度。

⑤計算

根據(jù)繪出的標(biāo)準(zhǔn)曲線及所測樣品的吸光值,計算出樣品實際蛋白濃度。

1.3蛋白變性

按照體積,加入Loading Buffer 并混勻,95℃加熱變性10min,置于-20℃冰箱儲存。

1.4本實驗室貼壁細(xì)胞提蛋白步驟(蛋白提取試劑盒:invent Total Protein Extraction Kit for Animal Cultured Cells and Tissues SD-001/SD-002)此步驟僅供參考,具體以自己所用試劑說明書為準(zhǔn)。   

①樣品間數(shù)量保持相對一致的T25細(xì)胞培養(yǎng)瓶,加入SD-001,500μl,冰上充分裂解10min,刮取細(xì)胞裂解液。

②移入預(yù)冷的柱子中,12000rmp,離心30S。

③棄去柱子,將蛋白置于冰上。

④進(jìn)行蛋白濃度測定,BCA法,詳細(xì)步驟見上文(本實驗室所用試劑盒:碧云天BCA蛋白濃度測定試劑盒。具體以自己所用試劑說明書為準(zhǔn)。)

⑤按照提取蛋白的體積,加入適量Loading Buffer 混勻,開水煮10min,置于-20℃冰箱儲存。

2. 制膠、上樣、電泳

2.1制膠

2.1.1濃縮膠、分離膠濃度的選擇

SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-PAGE),凝膠由兩種不同的凝膠層組成,上層為濃縮膠,下層為分離膠。濃縮膠為大孔膠,緩沖液pH6.7,膠濃度通常為5%;分離膠為小孔膠,緩沖液pH8.9,分離膠濃度需要根據(jù)蛋白分子量大小,選擇不同濃度的分離膠用于實驗。


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2.1.2本實驗室制膠步驟(以Servicebio 10%PAGE彩色凝膠超快速配置試劑盒為例)此步驟僅供參考,具體以自己所用試劑說明書為準(zhǔn)。

①把玻璃板洗凈晾干→對齊玻璃板(短板在前,長板在后)→放入制膠架子中,兩側(cè)夾子卡緊,下端與桌面垂直→將制膠架子放在塑料架上固定好。

②加滿超純水,檢測是否漏液(靜置幾分鐘后檢查,無漏液,倒掉,倒置晾干或用無屑紙吸干)。

③配制體系

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a.取兩只50ml離心管,分別將下層膠A、B液按說明書比例倒入混勻,上層膠A、B液倒入混勻

b.先配下層膠:加入同比例的促凝劑(10%AP),混勻,用巴氏管或移液槍沿玻璃加入,加到綠帶下線即可,注意要勻速,不要產(chǎn)生氣泡。

c.加無水乙醇液封,加滿(動作輕柔,不要產(chǎn)生氣泡),等待下層膠凝固(20-30min/離心管中剩余的是否凝/也可通過觀察,會有折線出來提醒已經(jīng)凝固)。

d.倒掉上層無水乙醇(倒置晾干或用無屑紙吸干)。

e.配制上層膠:加入同比例的促凝劑(10%AP),混勻,將剩余空間加滿(上層膠比較容易凝,加的時候要快速一點,但是不要有氣泡),將梳子插入上層膠中(加完上層膠后立即插入,注意傾斜角度插入避免氣泡產(chǎn)生)。

f.待上層膠凝固。

④配液:    

running buffer:一包粉劑配1L超純水,用于跑膠,還可用于配好的膠板的保存。

Transfer buffer:一包粉劑配800ml超純水+200ml甲醇,用于轉(zhuǎn)膜,配好后4度預(yù)冷。

TBST:一包粉劑+2L超純水+2ml洗滌劑Tween-20,用于洗滌。

2.2上樣:

①根據(jù)分組和定量結(jié)果上樣,上樣前先加熱煮沸,然后離心

②雙手緩慢垂直拔出梳子,并將RunningBuffer倒入內(nèi)外槽中,形成閉合回路。內(nèi)槽 Running Buffer需注滿,外槽RunningBuffer沒過最低刻度線即可。

③用移液器吸取樣品,垂直上樣,將槍頭置于兩塊玻璃板之間上樣泳道的位置,輕輕插入其中(不能用力插入,擠壓玻璃板),緩慢打出樣本,待樣本全部打出時,停頓2秒再拔出槍頭,保證樣品全部加入上樣泳道。

④記得上marker

2.3電泳:

①上樣完以后,連通電泳儀電源,注意正負(fù)極連接正確(黑對黑,紅對紅)

②設(shè)定適宜的電泳參數(shù)(以10%為例,濃縮膠電泳參數(shù)為恒壓60V,30min;待樣本進(jìn)入分離膠時,可將電泳調(diào)至120V,60min)。

③當(dāng)溴酚藍(lán)到凝膠底部時,停止電泳,關(guān)閉電泳儀電源。

3.轉(zhuǎn)膜    

SDS-PAGE凝膠中的蛋白因結(jié)合SDS而帶負(fù)電荷,在電場的作用下,帶負(fù)電的蛋白會轉(zhuǎn)移到膜上。

3.1膜類型的選擇


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3.2轉(zhuǎn)膜條件的選擇

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3.3本實驗室轉(zhuǎn)膜步驟。此步驟僅供參考,具體以實際為準(zhǔn)。   

3.3.1準(zhǔn)備工作

a.轉(zhuǎn)膜液至少提前2h(即開始電泳后)放入﹣20℃冰箱預(yù)冷。

b.目的蛋白>20KD選擇0.45μ m NC 膜;目的蛋白<20KD選擇0.2μ m 的 NC 膜或0.22μ m 的 PVDF 膜,選擇完畢后將 NC 膜放在 Transfer Buffer 中浸泡備用,如使用的是 PVDF 膜需先放入甲醇中浸泡2-3min,再放入Transfer Buffer 中浸泡備用。

3.3.2轉(zhuǎn)膜

取出玻板中的凝膠,在夾板上依次放一塊黑色海綿墊、兩張濾紙、凝膠、NC 膜、兩張濾紙、一塊黑色海綿墊("三明治"結(jié)構(gòu)),將轉(zhuǎn)好的膜放在轉(zhuǎn)膜槽,再放進(jìn)電泳儀中的時候黑板對黑面,白板對紅面,其中電泳儀內(nèi)放一塊冰盒,將電泳儀置到冰盆內(nèi),倒?jié)MTransfer buffer,調(diào)到恒A 300mA轉(zhuǎn)膜1h:

3.4麗春紅染色(可選)

帶負(fù)電荷的麗春紅染料能夠與膜上帶正電的氨基酸發(fā)生可逆結(jié)合,以判斷轉(zhuǎn)膜效率。

轉(zhuǎn)膜后將膜用麗春紅染色,染色后將膜裁剪,保留目的條帶,用TBS 洗三遍(每次5min.80r),以去除染色,再進(jìn)行后續(xù)膜封閉及抗體孵育。

4.封閉、抗體孵育

4.1封閉

蛋白轉(zhuǎn)膜后,膜上尚有未結(jié)合蛋白的部位,可以采用封閉液進(jìn)行封閉,以減少非特異性結(jié)合。   

4.1.1封閉液選擇

①脫脂奶粉:通常封閉液的濃度為 2.5-5% (w/v)。經(jīng)濟(jì)實惠,封閉效果較強(qiáng);缺點:目標(biāo)蛋白是磷蛋白的話會有很多背景信號。即使目標(biāo)蛋白不是磷蛋白,因為是蛋白質(zhì)的混合物,也容易產(chǎn)生較高的背景信號。

②牛血清白蛋白(BSA):是從牛血清中提純之后的一種球蛋白,通常含有BSA的封閉液的濃度為2-5%(w/v)。缺點:價格高,提純過程中有可能含有IgG或其他血清蛋白等污染物,這些蛋白都可以和哺乳動物抗體產(chǎn)生交叉反應(yīng),會增加非特異性背景信號。

③商品化封閉液:通常含有提純過的蛋白,里面不含有磷蛋白、免疫球蛋白、白蛋白、生物素 等其他封閉液中難以避免的成分。每個商品化封閉液都有自己的Protocol,封閉時間很快。

4.1.2本實驗室封閉步驟

將膜取出,放入合適的孵育槽中,快速封閉液( NCM Bioth NcmBlot Blocking Buffer 快速封閉液)封閉30-60min,用TBST洗三遍(每次5min.80r)

4.2抗體孵育

一抗識別膜上蛋白或修飾性抗原表位,二抗識別一抗恒定區(qū)從而與一抗結(jié)合,最終通過二抗攜帶的熒光或酶顯色信號,達(dá)到對樣本中目的蛋白進(jìn)行檢測的目的。一抗孵育推薦4℃過夜,可以提高抗體結(jié)合效率,并有助于降低背景;二抗一般為室溫孵育。

4.2.1內(nèi)參選擇    

   胞漿和全細(xì)胞蛋白:GAPDH(37 KD),β-actin(43 KD),Tubulin(55 KD)

   胞核蛋白:PCNA(29 KD),Histone H3(17 KD)

   核膜蛋白:lamin B(66 KD)

   線粒體蛋白:COX IV(17 KD),VDAC1(30 KD)  

4.2.2單克隆抗體和多克隆抗體選擇

抗體分單克隆抗體(monoclonal antibody, MAb)和多克隆抗體(polyclonal antibody, pAb)。

單克隆抗體是只能與特定的、單一抗原結(jié)合的抗體,而多克隆抗體是能與一種以上抗原結(jié)合的抗體。單克隆抗體特異性明顯強(qiáng)于多克隆抗體。在WB實驗中使用單克隆抗體檢測目的蛋白,多呈單一的、清晰條帶,實驗結(jié)果良好;而使用多克隆抗體可能導(dǎo)致多條帶或條帶不清晰,實驗結(jié)果質(zhì)量欠佳。

4.2.3抗體種屬選擇

①目標(biāo)蛋白的種屬:首先確定要檢測的目標(biāo)蛋白所屬的物種。如果樣品來自人類,那么選擇來自其他物種的抗體,如小鼠、兔子或羊等,因為這些抗體通常對人類蛋白有較高的特異性。

②一抗種屬:選擇與樣品來源不同種屬的一級抗體。例如,如果樣品來自人類,那么可以選擇小鼠或兔子的抗體作為一抗。這種不同種屬的抗體可以識別并結(jié)合到目標(biāo)蛋白上。

③二抗種屬:選擇與一抗相應(yīng)種屬的二抗。二抗是與一抗結(jié)合的抗體,其可被用于探測和檢測一抗。通常情況下,二抗是標(biāo)記有較容易檢測的熒光染料或酶的抗體。   

④物種交叉反應(yīng):在選擇抗體時要注意潛在的物種交叉反應(yīng)。一些抗體可能對多個物種的蛋白具有較高的交叉反應(yīng)性,這可能會導(dǎo)致誤解或干擾。確保驗證抗體的特異性,并查閱相關(guān)文獻(xiàn)以了解抗體在特定物種中的應(yīng)用情況。

⑤每個實驗都是獨特的,對于不同的目標(biāo)蛋白和實驗條件,可能需要進(jìn)行不同的選擇和優(yōu)化。因此,在選擇抗體種屬時,請參考相關(guān)文獻(xiàn)、抗體供應(yīng)商的指南,并根據(jù)自己的實驗需求進(jìn)行驗證和優(yōu)化。

4.2.4一抗孵育

按抗體說明書比例,分別將一抗和actin抗體用一抗稀釋液配好,分別將膜浸泡到配好的抗體中,覆蓋搖勻(40r,1h)4°冰箱敷過夜;過夜后將抗體回收,膜用TBST洗三遍(每次5min,80r)

4.2.5二抗孵育

二抗抗體按抗體說明書比例用二抗稀釋液配好,將洗好的膜置入盒內(nèi),用二抗覆蓋搖勻(40r1h),后將抗體回收,膜用TBST洗三遍(每次5min.80r)

5.曝光

5.1原理

WB 檢測中,二抗偶聯(lián)的最常見的酶是 HRP (辣根過氧化物酶),以 ECL 為底物進(jìn)行發(fā)光檢測。

5.2本實驗室發(fā)光步驟

以ECL Western Blot kit超靈敏化學(xué)發(fā)光檢測試劑盒 (西安壯志科技有限公司) 及化學(xué)發(fā)光凝膠成像系統(tǒng) Tanon-5200Multi為例。此步驟僅供參考,具體以自己買的試劑說明書為準(zhǔn)。   

①根據(jù)膜的大小,按照1:1將A液、B液混勻,配制成發(fā)光檢測工作液。

②將膜取出,去除膜上多余的液體,放在塑料盒中,用移液器將工作液加到膜上,來回吹吸5-8次,使其均有覆蓋。

③化學(xué)發(fā)光凝膠成像系統(tǒng):將膜放置到成像儀內(nèi),參考儀器說明書進(jìn)行檢測,顯影觀察結(jié)果。

三、常見問題及解決方法

(一)條帶弱或無目的條帶

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(二)多條帶或非特異性條帶

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(三)條帶位置異常(表觀分子量與理論不符)

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(四)高背景

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(五)條帶變形

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